據記者了解，長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區是為保護珍稀特有魚類所設立的唯一一個國家級自然保護區，但它自設立至今就一直面臨巨大的開發壓力。

　　長江是中國水生生物最為豐富的河流，而長江流域特有魚類最為豐富的區域就在其上游。上世紀開工建設的葛洲壩和三峽水庫，截斷了多種魚類的洄游通道，淹沒了大量的產卵場。為保護好長江上游珍稀特有魚類資源，減輕因三峽工程建設對魚類資源所帶來的不利影響，長江合江——雷波段珍稀魚類省級自然保護區于1997建立，至2000年升格為國家級自然保護區。

　　然而，就在這一年，水電開發已經開始按計劃向上游的金沙江江段滾動，而規劃中的向家壩和溪洛渡兩座大壩，竟都位于保護區內。為了給水電開發讓路，有關部門于2005年對長江合江——雷波段珍稀魚類國家級自然保護區的范圍和功能區作出調整，并將其更名為“長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區”。研究表明，作為珍稀特有魚類重要的棲息地和生態通道，近年來每年有多達150億尾（粒）的魚類的苗和卵通過小南海江段水域。

　　中科院等研究機構的研究顯示，在長江上游干支流水電大開發的背景下，這個保護區極有可能成為長江多種珍稀魚類最后的庇護所，對長江魚類物種資源和漁業資源保護具有重要和不可替代的作用。

　　“然而，距離前次調整不過3年，重慶市和三峽總公司就提出要在小南海建壩，而其回水將使長江上游珍稀特有魚類國家級保護區51.98公里的緩沖區和20.52公里的實驗區原有功能發生改變。”馬軍說。

　　環保部南京環境科學研究所曾給出預測，小南海和其它梯級電站開發的累積效應將會嚴重改變河流生態系統的水域環境，對棲息的珍稀特有魚類造成毀滅性影響。

　　申請書稱，20年來，為了水電開發的需要，長江上游的珍稀特有魚類的棲息地被迫從葛洲壩退到三峽，從三峽退到溪洛渡，從溪洛渡退到小南海，如今小南海又要建壩，這無異于把珍稀特有魚類逼向絕境。這樣的過度開發不符合環境保護的國策，不是科學發展。

　　《中華人民共和國自然保護區條例》第32條明確規定：在自然保護區的核心區和緩沖區內，不得建設任何生產設施。上述環保組織認為，所謂的調整保護區，實質是要壓縮、切割保護區，使得這個保護區名存實亡，這明顯違反《國家級自然保護區范圍調整和功能區調整及更改名稱管理規定》中關于“國家級自然保護區范圍調整和功能區調整應確保重點保護對象得到有效保護，不破壞生態系統和生態過程的完整性及生物多樣性”的要求。

　　這一保護區的一再調整引起了環保組織的注意。大自然保護協會長江保護項目經理郭喬羽說，2002年，溫家寶總理管理保護區調整問題曾批示：“國家級自然保護區范圍調整、更名要慎重，一經確定不宜經常變動。要建立、健全管理辦法”。

　　但令人難以接受的是，僅僅在上次調整5年之后的今天，這個命運多舛的國家級保護區又面臨被“去尾”的命運。

　　針對有關方面提出的建設小南海水電工程是為了解決重慶發展電力需求的問題時，環保組織認為，開發方提出的通過小南海電站解決重慶市電力短缺，協助重慶市防洪，以及防止三峽庫尾淤積等功能，完全能夠通過三峽公司正在開發的溪洛渡和向家壩這兩座巨型水電站協調解決，而這樣的安排對于防止水電大開發后形成新一輪的產能過剩也是有利的。