適用對象:

　　同時存在致害者和受害者，建設者和受益者

　　《生態補償條例》適用主體應該是區域，而并非是區域內的個人和單位。個人和單位之間的糾紛已經通過現有的污染防治法律來進行解決。在適用對象方面，必須要界定致害的區域和受害的區域，而且要界定生態建設的區域和生態受益的區域。缺少任何一方面，都不能成為這一條例的適用主體。如陸地的河流對海洋的污染，如果不能找到受害的區域，則不能把相關的事情納入到《生態補償條例》之中。

　　區域性的特點是指要同時存在致害者和受害者，建設者和受益者。有致害者沒有受害者不應納入生態補償領域，有建設者沒有受益者也不應該納入到生態補償領域。基于此，《生態補償條例》應該圍繞草原、林地、流域3個重點展開，對于已經區域化的礦山生態環境改善和海洋生態改善也應予以考慮。

　　基本原則:

　　誰污染、誰破壞誰賠償；誰受益誰補償；誰主管誰負責

　　“誰污染、誰破壞誰賠償”，“誰受益誰補償”以及“誰主管誰負責”這3個原則的適用范圍是廣泛的，理應成為《生態補償條例》的指導性原則。

　　另外，何為受益？何為受損？必須建立起一個相關的標準，并且此標準的建立對于上下游利益的保護應該公平。如上游嚴重污染了下游，上游做出了一定改善行動，但是水質并沒有達到要求，此時要求下游給以補償是不公平的。因此，應當結合國家的環境質量標準和污染物總量排放控制標準，制定一個受益標準或者受損標準，為生態補償標準的建立奠定基礎。

　　機制建設:

　　建立補償標準和公眾參與程序

　　補償方式和補償機制

　　補償涉及到橫向的補償和縱向的補償。所謂橫向的補償是指致害者和受害者、建設者和受益者明確的補償。在這種情況下，可以采取由區域對區域的橫向補償。對于這種補償，可以在上級政府協調的基礎上，采取行政協商的補償，也可以在雙方自行協商的基礎之上，采取市場補償的方法。因此，《生態補償條例》可以在市場補償機制的建立方面做出一些嘗試。

　　在建設者明確而受益者不明確或者受益者眾多的情況下，如重慶市為了保護長江水源采取植樹造林的措施，長江下游所有的行政區域都受益，若長江下游所有的區域與重慶市區協商解決補償方式和補償標準的問題是不現實的。在這種情況下，可以由中央政府按照一定的標準建立一定的程序予以適當的補償，維護上游區域加強生態建設的積極性。從這點看，生態補償立法應當建立起縱向的補償標準和補償程序。

　　另外，雖然生態補償是區域間的補償，但是這個區域涉及到此區域內個人的利益，區域協商不能損害區域內個人的利益。因此，生態補償立法應當建立起生態補償決策的公眾參與程序，制定具體的參與程序，讓老百姓真正參與生態補償或者生態建設中來。

　　補償標準

　　生態補償的標準雖然不具有等價性，但是也不能太低。一些區域放松環境監管，造成區域環境污染或生態破壞的現象，其實質在于地方忽視環境保護，片面追求GDP的增長，因此生態補償的標準不能太低，否則，對于遏制地方片面追求GDP的增長、轉變經濟增長方式沒有任何效果。

　　此外，生態標準要有利于安排受害區域或者生態建設區域中老百姓的生產和生活。
 

　　同時，《生態補償條例》起草時還應該協調好其與《自然遺產法》、《自然保護區條例》和《風景名勝區保護條例》的關系，要考慮目前正在進行的主體生態功能區的建設問題，把生態補償的法律制度和法律機制與主體生態功能區的法律制度和法律機制結合起來。