中國對于EU ETS的公平性和合理性更為關切。中國民用航空局副局長王昌順在會見歐盟氣候總司司長喬斯·德爾貝克（Jos Delbeke）時強調，歐盟單邊強行將進出歐盟的國際航空排放納入EU ETS，沒有區分不同國家的減排責任，違反了 “共同但有區別的責任”原則和各自能力原則，違反了相關國際公約，也阻礙了處于起步或成長階段的航空公司的發展。

　　“買路錢”的去向也是關注的焦點之一。雖然各航空公司支付的碳排放費用并不進入歐盟各國政府，而是注入歐盟的碳排放交易市場，但大量資金的注入顯然有益于歐盟碳排放交易體系的建設和完善，從而壯大歐盟市場。而拍賣和罰金則可能成為較直接的收益。歐盟稱拍賣碳排放權所得資金將分配給歐盟成員國用于應對氣候變化問題，但一方面各航空公司未必愿意讓本屬自己利潤的資金被歐盟所支配，另一方面也存在幫助歐盟公司改進碳排放技術的可能，有提供補助之嫌。

　　此外，分析人士還指出，由于歐盟對于在歐盟境內起降的飛機進行碳排放全程計費，導致了直飛歐盟的成本大幅度上升，由此可能造成中轉航班的增加，促成中東國家一些航空港的崛起并改寫全球民航版圖。此外，就如新加坡航空所指出的，EU ETS的施行，給歐盟周邊國家的航空公司帶來不公平的競爭優勢——可以想見，在經營往返歐盟國家的遠程航線時，近歐盟的國家占據地利之便，可在本國設置中轉站，以不同的航班編號續程歐洲，從而規避大量碳排放費用。

　　相比之下，航海運輸更是存在大量公海航行，管轄權問題尤其突出。歐洲委員會環境與可持續發展研究中心警告說，歐盟若要將航海業納入ETS，面臨違法反國際法的風險。根據習慣法和相關國際判例，只有船舶的船旗國有權對船舶在公海上的航行適用強制性規則。“沒有任何有力的法律根據允許歐盟享有對本土外的管轄權。”研究中心在報告中說，“若將歐盟碳排放政策適用于海上運輸，非歐盟國家和企業很可能據此反對。”

　　同時，對于EU ETS在航運業的減排效率，也出現質疑的聲音。2011年初，中國航空協會發表的聲明中，就指出EU ETS實施對象顛倒，沒有首先針對飛機及發動機的制造商，減排沒有直接從源頭抓起。美國也指出歐盟的計劃過于瑣碎，且航空公司可借助資金突破限制，然后轉嫁給客戶。

　　歐盟的動機也成為被懷疑的對象。2005年~2007年是EU ETS運行的第一階段，EU ETS所涵蓋的幾個能源部門減排頗有成效，而體系之外的交通運輸部門排放量增長迅速，其中航空和航海業增長幅度甚至達到了80%。歐盟聲稱將排污量迅速增長的部門納入其ETS是減排必須，但歐元區目前所面臨的債務危機，以及享有領先的碳排放技術的歐盟國家在技術轉讓方面所能獲得的經濟效益，抑或歐盟國家在碳排放系統中所受到的明顯小于發展中國家的壓力，都無法不讓人將歐盟“空中海上都不放過”的碳稅政策與歐盟的“開源”需求結合起來，使得歐盟的目的顯得不再單純，無法占領“為了全人類福祉”這一道德高地。

　　根據著名經濟學家戴爾斯的觀點：環境是一種商品，而政府就是其所有者?？梢?，航運業是全球性的活動，其碳排放并非限于歐盟境內，歐盟并不擁有世界環境的“產權”，在試圖將航運業納入由其單方面制定的地區性方案中時，國際性和單邊性沖突下對管轄權和公平性的質疑，以及該系統運用于國際航運時的諸多不合理性，都成為各國不“買賬”的理由。

　　各國反擊加劇歐洲內部異見

　　美國的起訴已經被歐洲法院駁回，通過法律途徑反抗EU ETS并不現實。放棄法律之戰后，美國拿起貿易武器，表示將對歐盟采取報復性措施，并由眾議院率先通過議案，禁止美國航空公司加入EU ETS。雖然該議案尚需參議院表決通過，但美國的態度已經十分明確。另一個航運大國俄羅斯也做了類似表態，而中國和印度則相繼發布了禁令。印度一位官員表示，如果歐盟對印度的航空公司采取禁飛等措施，印度將以牙還牙，并考慮對飛經印度領空的航班征收“不合理”費用。“歐盟的航班將被迫繞開印度領空、印度洋和孟加拉灣。”這位官員說，“問題僅僅在于，你們（歐盟）打算將世界帶入貿易戰當中嗎？”畢馬威會計師事務所一位部門負責人Amber Dubey補充說，印度是一個人口和國防力量都在快速增長的國家，與歐盟的供應商簽訂了大宗的訂單。 “EU ETS的強制執行，使歐盟與世界其他國家之間發生貿易戰的風險增加了。印度可能以大型飛行器訂單作為談判的一個籌碼。”