總部的分號管理制度，主要是通過統一管理、考核制度和報告制度。

　　晉商企業實行總分支機構制,總號設在山西本地,分支機構遍布全國各地以至國外。總號對分號實行集中管理,從分號的開立、經營、人員配置、資金、收益等都歸總號調度,實行統一制度、統一管理、統一核算、統一資金調度。總號對分號的控制,一是考核制度;二是報告制度。總號對分號的考核,以“結利疲帳定功過”,且以不對它號造成損失為原則,否則給予處罰。報告制度為書面報告與口頭報告兩種,書面報告有正報、附報、行市、敘事報和年終報告五種,口頭報告是每日晚上面報主管、每年兩次大掌柜(或委托欽差)巡視時分號掌柜面報、班期回總號面報等。

　　票號的銀行密押制度，規避了作業層的風險，這樣一套系統、行之有效的風險控制措施保證了票號與客戶雙方的利益，在山西票號存在的一百多年的時間里，很少發生匯票騙領事件。

　　首先，從總號到每個分號，都有專人用毛筆書寫匯票，并將書寫人的字體報給總號及各個分號，預留備案。這樣，所有在號人員都能夠根據預留的備案識別真假。如果需要更換書寫人員，更換后必須立即將字體報告給總號及各個分號，并預留備案。

　　其次，匯票寫完后，需要加蓋印鑒，印鑒正中有人物像，周邊刻有小字，以防假冒。同時，匯票的金額、時間均設有暗號。只有票號的人才能識別，持票人不知道，這就是所謂的“認票不認人”。山西票號在經營匯兌的過程中，還創造了以漢字作為匯票簽發日期和銀兩數目代碼的暗號，機密度極高。匯票的印刷用麻紙，內加水印，每家票號的用紙、款式、水印都不同，只有各家票號的人才能識別，這樣，匯票就很難被偽造。

　　最后，山西票號還制定了“見票三五日兌付”和兌付后“匯票即焚”制度。這個制度的意思是票號在見票之后，要無償占用顧客款項3到5天，一方面使票號在見票后有時間準備款項，另一方面也是為了安全保險。對于持有匯票的人，見票即付當然好，但是若是匯票被盜竊或者遺失，來不及掛失就會被取走。而“見票三五日兌付”為持票人掛失騰出了時間，同時“匯票即焚”又做到了票號的絕對保密，維護了票號的信譽。

　　票號的資金的管理制度，通過分號之間資金余缺調劑、靈活調撥，一方面保證存、放、匯的順利進行，同時又做到了資金的充分利用。山西票號分號很多，但是由于各個地區經濟狀況不同，各個票號的現金盈虧、行市好壞亦不相同。有的票號現金盈余，款項放不出去，資金閑置；有的票號現金短缺，利率上升卻無款可放。于是，山西票號運用“酌盈濟虛、抽疲轉快”的方法有效地解決了這一矛盾。

　　票號的經營管理制度，根據時局對規模和網點進行調整，有效規避了盲目擴張的風險。山西票號根據經營成本的變化對存貸款利率和匯水(票號運作的收入為匯費，也就是匯水)水平進行適時的升降。例如，逢鏢過節利息上升，匯兌存放要謹慎，不宜大額貪做；分號開設時一般只做匯兌，等熟悉市面后再做存放；根據時局對規模和網點進行調整。八國聯軍侵華時，日升昌的大掌柜適時撤銷了成都、重慶、廣州、漢口、張家口、開封等地的分號并且辭退員工，避免了因戰亂導致的更大損失。另外，制定、實施了一種叫做“預提護本”的利潤分配制度，即在每次分紅時，先按一定比例從利潤中提取一部分資金用于建立風險基金，并實行專款儲存，一旦發生重大意外事件，可以此作為保障，以維持正常經營。

　　(3)激勵機制-身股制，把員工的利益與商號的整體利益聯系在一起。

　　晉商之所以成功，就是有一套相當完善的激勵機制，它的激勵機制是什么呢，我們說晉商里面工作他的收入可以分為兩塊，一塊收入我們叫做“固定收入”，那么這個固定收入又分做兩塊，一塊就是你在票號里邊工作，你的穿、你的吃、你的用，一切都是由票號給你，實行“供給制”。有一篇文章，就是一個票號的后人回憶他父親在票號時候的待遇，他說待遇非常優厚，比如吃的是每天中午都有肉，而且基本都有酒，冬天還給黃酒，票號里邊吃的東西基本上是半個月不重樣，每天都是換一樣，你看這個吃得非常好。穿的呢，應該說穿得也非常好，夏天都是絲綢，冬天都是毛料。其他的，比如說你在外地工作你要回來探親，你坐車也好坐船也好，一切費用都是由票號支付。這塊兒我們叫什么呢？叫做供給制，供給制的待遇相當好。

　　那么另一塊固定收入叫做“辛金”，這個辛金就是我們所說的工資，那么一般從什么時候起步呢？通常出徒以后起步，第一年是二兩銀子，第二年是四兩銀子，然后工作了十四年以后銀子漲到了一百兩銀子。一百兩銀子是什么概念呢？歷史學家計算，大體上當時的一兩銀子相當于現在的二百塊錢，也就是一百兩銀子就是一年的固定工資，就是兩萬塊錢，這兩萬塊錢就是讓你養家糊口用的。我們說這是一部分收入。

　　那么另一部分收入，叫做“身股制”。這個身股制在晉商里邊是個特殊的創造，所謂身股制，也就是晉商票號里邊的股份有兩種稱呼，一種就是前面說的銀股，就是東家出的錢，出的資本，叫做銀股；一種叫做身股，這個身股不是花錢買的，是什么呢，是東家給你的，給你干什么呢，作為你分紅的一個憑據，就是你分紅能分多少紅呢--身股制就是讓你參加分紅--能分多少紅就看你的身股有多少。晉商票號里邊怎么分紅呢？我們比如舉個例子說，假如我們今年的票號一共盈利是100萬，那么當年簽訂合約的時候就講清楚了，比如說銀股和身股叫做六四分成，所謂六四分成，也就是這100萬兩銀子里邊有60萬兩是出錢的東家所獲得的，然后東家根據他們的股份再去分這60萬兩銀子；剩下的40萬兩銀子是員工的身股分紅的，你比如說一共有100厘的身股，有40萬兩銀子，一股就是四千兩銀子。都是按這樣來分的，那么你分多少就看你身股有多少，然后決定你分多少。這個身股制我們現在也叫做全員分紅，也就是所有的員工都參與分紅，也就是說都根據你身股的大小來決定你分紅的多少。大掌柜的身股由東家定，其他員工的身股由大掌柜定，一般大掌柜可分到10厘，二掌柜9厘，三掌柜8厘；其他人按照職務遞減，也有1厘的；學徒工不給。一個普通員工，身股就是三厘，平均每年能分到1075兩銀子；當面一個知縣包括養廉銀在內的全部收入不過如此。也就是山西人口口相傳的“有兒開商店，強過做知縣”民間諺語的有力佐證。