據采訪的多位研究者認為，“五大湖”水環境治理要擺脫成果局限于“點”、很多措施還在“試”的面貌，進一步激發治理帶來的生態邊際效益。必須要深入下去，投入更多的資金、力量和資源，實行協同統籌、標本兼治。
劃出湖泊生態“紅線”
有受訪專家認為，經過20多年的努力，我國的湖泊治理技術水平已不再落后于國外，有的甚至超過了發達國家。但是，湖泊治理技術是支撐，管理才是關鍵。要像我國劃18億畝耕地紅線一樣，亟須為“五大湖”這樣具有重要區域生態戰略地位的大型湖泊開發劃一條生態“紅線”。
只有首先劃出了湖泊生態“紅線”，遏制邊治理邊污染、邊保護邊破壞的現狀，治理技術措施才能真正發揮作用。
多位受訪專家認為，這條生態“紅線”應包括水域面積控制線、綠化控制線、建設控制線等。需設立生態核心區域，禁止一切水產養殖和航運等開發利用項目，以確保湖泊的多樣性“標本”得以保存。核心區域外還應設立緩沖區，避免外來干擾，減少人類活動對于核心區域的影響。緩沖區以外的區域，也應強制進行綜合性規劃，明確怎么保護、開發、治理。
長江水利委員會網絡與信息中心主任、教授級高級工程師周少林說，關鍵在于執行力。他認為，應將湖泊的生態“紅線”作為對地方政府的考核標準，作為地方落實中央提出的《關于全面推行河長制的意見》的最重要抓手之一，推動從“河長制”到“河長治”。
一位安徽省環保干部認為，在體制不順、職責不清的問題暫時不能徹底解決的背景下，可以先行破解執法困境。相對集中湖泊行政執法權，統籌各個部門涉湖執法力量，相關涉湖管理部門將各自執法權限授予統一的湖泊執法機構，讓紅線真正“帶電”。
“一湖一策”標本兼治
為了使“重病纏身”的“五大湖”重現秀麗容顏，各地政府付出了艱苦的努力。但巨大的投入尚未真正帶來預期的結果。受訪專家指出，一個重要原因是，長時間來，湖泊治理和保護方略的針對性仍然不夠。
五大淡水湖泊，不僅湖泊成因各異，其周邊的生態特點、流域經濟產業結構和發展方式迥異，其受污染的種類和污染狀況也各有不同。從湖泊承擔的供水、生物多樣性保護、休閑旅游等主導功能上看，即使在同一湖泊，不同湖區承擔的主導功能以及各主導功能的重要性位序也會有較大差異。
湖泊學博士、江蘇省太湖辦原副主任張利民說，要根據湖泊承載極限等因素，實行一湖一功能的定位。既統籌湖泊流域水循環及其伴隨過程，又結合該湖的自然地理與社會經濟特色，充分考慮技術、經濟層面的可行性和有效性，因地制宜地提出相應的湖泊治理和保護的優先措施，避免“眉毛胡子一把抓”。
具體說來，就是要實施“一湖一策”，
從流域層面研究江湖、河湖關系演變，協調防洪、蓄水工程布局與水質改善、生態保護要求；
從時空尺度研究污染分布、結構特征及遷移變化，源頭減排、過程凈化、末端擴容并舉；
從湖泊水文特性出發研究水質與水量、水流、水位的內在聯系和響應關系，優化閘壩調度和調節水文要素，發揮水流自凈作用。
經過二十余年的湖泊治理探索，各地又迎來最新一輪治理規劃，基本特點是引入“全流域綜合治理”的理念。一位受訪專家表示，湖泊全流域綜合治理的路子是找對了，但要注意，復雜的湖泊污染問題仍需要辯證分析，還需要研究跨流域、跨地區統籌協調、共同治理，這樣才能達到“精準治湖”目標。
特別是“五大湖”，除洪澤湖外，都是長江流域的“棋子”。有專家說，要治理湖泊，就不能不管長江。必須以長江流域為單位，將各自的治理工作置身于整個長江流域水治理的大背景下去統籌規劃：
在流域層面統籌考慮湖泊富營養化控制、河流綜合整治、城市水環境治理、飲用水安全保障、監控預警等研究內容，強化流域頂層設計；
建立流域統一高效的資源和信息共享機制，解決流域內上下游、左右岸的跨界責任落實問題；
按流域進行成果集成，凝練流域共性技術。
創新融資模式突破資金瓶頸
興水利、除水害歷來是治國安邦的大事。兩級財政分開后，地方政府逐漸成為水利工程出資的主體之一。保運轉、保民生之外，所增加的湖泊治理這筆投入，從何處來？
西洞庭的湖南安鄉縣一位財政部門負責人表示，安鄉縣年財政收入4.8億元，人均財力只相當于全國平均數的8%。即使全年連一座公廁都不建，保運轉還差11億元?！安簧傩枰h級財政出配套資金的治理項目，我們都不敢接。”
為資金犯難的不只是安鄉縣。安徽最早提出的口徑是，環巢湖生態修復一二期項目總計投資300億元，而到2012年時一期工程投資預算已超過500億元。而最新的數據是，包括新籌備的三至五期項目在內，環巢湖生態保護及修復工程總投資額1420多億元，這還不是最終決算數據。
一位受訪專家介紹，地方財政資金壓力大的同時，國家各部委基本上從各自職能出發，分別從防洪、污水、垃圾、水利、資源綜合利用等方面給予支持，要求項目建設內容必須單一，不與其他建設內容相融合，這就出現了上下左右難以形成資金合力的問題。
一位全國人大代表在洞庭湖調研后建議，建立國家中央生態補償專項基金，同時積極考慮引入社會投資、捐贈和國際資金。優先考慮民生，特別是優先補償湖區人畜飲水等基本生存保障的項目，推動湖區產業轉型，發展生態循環農業，引導湖區人民自力更生，休養生息。
中國水環境集團有關專家表示，各級政府要主動拆除民營資本進入“五大湖”區公益事業項目的壁壘，創造條件構建新的融資機制。如BOT模式、公私合作等，以促進在湖泊流域水污染控制等方面的民營資本進入，從而增大設施的建設規模并提高運行效率。還可以借鑒國外經驗，嘗試施行排污權交易制度。
安徽省巢湖市一位負責人則表示，巢湖籌措治理資金的機制值得借鑒：合肥市政府多渠道籌措巢湖專項資金池，實行專戶管理，專項用于工程項目資本金和債務本息償付。資金池來源為各縣(市)區政府、開發區管委會。其中，有水利建設資金的50%、經營性用地出讓收入的5%、預算安排的資金(原則上按上年度地方財政收入決算數的1%安排)、水利部專項補助資金、部門爭取的中央和省補助資金、國債資金、巢湖生態專項資金專戶利息收入和其他收入。當以上資金仍不能滿足需求時，由合肥市本級財力統籌解決。