不僅是三峽庫區魚類生態平衡遭受破壞，放眼整個長江流域，水生生物多樣性也正面臨嚴峻挑戰。曾幾何時，長江淡水生態系統在我國乃至世界都具有十分重要的地位和作用，水生生物多樣性具有巨大的經濟、社會、生態和科學價值，長江經濟水產品一直是我國淡水漁業的支柱，漁業產量占全國的60%以上。但是，隨著長江經濟帶的迅猛發展，不可避免導致了長江水生生物資源衰退、物種瀕危或消亡。
 

    魚類捕撈量逐年下降 

    據不完全統計，長江中有魚類17目52科178屬370種，其中，特有魚類42種，重要經濟魚類36種。其他動物有白鰭豚、揚子鱷和大鯢等。在長江珍稀水生動物中，除鰣魚近年來未捕獲外，被列為國家一級或二級野生保護動物的中華鱘、白鱘、達氏鱘、白鰭豚、揚子鱷、江豚、胭脂魚、淞江鱸等均能生存繁衍，但種群數量呈逐年下降的趨勢。 

    受水域污染、過度捕撈和水利工程建設等因素的影響，長江瀕危物種增多，有20多種魚類被列入中國瀕危動物紅皮書；主要經濟魚類趨于低齡化和小型化；魚類種群數量減少，一些重要經濟魚類已經不能形成實際產量。 

    捕撈產量的下降是長江漁業嚴重衰退的一個直觀反映。統計表明，上世紀70年代，長江每年魚類的捕撈量為20余萬噸，而最近幾年的捕撈量下降到10萬噸左右，不足最高年份的1/4。捕撈機械化程度和技術的提高，使得捕撈能力極大增強，而捕撈量反而下降，故長江魚類捕撈量的下降是反映長江漁業資源下降的最直接指標。長江主要經濟水生物動物補充量急劇下降。長江“四大家魚”(青魚、草魚、鰱魚、鳙魚)，中華絨毛蟹和日本鰻等長江主導水生經濟動物，苗種發生量急劇下降，已不能形成魚汛。“四大家魚”魚苗曾經是水產養殖的惟一苗種來源，由1950年至1960年的300多億尾降為目前的不足10億尾，長江口的中華絨毛蟹和日本鰻已經不能形成明顯的苗汛。 

　　水生生物種群數量不斷減少 

    同時，長江魚類群結構顯著變化，多樣性喪失。據了解，長江“四大家魚”在漁獲物中的比例已從上世紀60年代中期的20%-30%下降到目前的5%左右。長江下游江段有70多種淡水經濟魚類，近20年來，除河口區鳳鱭資源相對穩定外，鱸魚、銀魚、鯔魚及一些貝類生物都已大幅度減產，而中華絨毛蟹、刀鱭資源明顯下降。長江下游漁獲中，小型魚、蝦、蟹類占漁獲物總量的50%左右，群落結構小型化明顯。專家認為，魚類物種多樣性指數呈現出逐年減少的趨勢，表明物種多樣性正逐步喪失。
 

    此外，分布在長江流域的水生生物，由于過度利用和環境不斷惡化，其物種數量大幅度下降，許多原來數量比較大的物種已大幅度下降，有的物種已經處于瀕危狀態，特別是水生動物的受威脅程度高。位列“長江三鮮”之首的長江鰣魚，上世紀60年代末至70年代末的10年間，年平均產量近50萬公斤，年產量最高可達160萬公斤，現在已基本絕跡。中華鱘、胭脂魚等已從重要的經濟魚類淪為瀕危物種。根據《中國瀕危動物紅皮書》統計，分布于長江水系的水生動物中，受威脅魚類比例18.25%(69種)、兩棲類47.59%(69種)、爬行類32.53%(54種)，在全國內陸水域受威脅比例最高。