據審計署網站消息，2009年，審計署駐成都特派辦先后組成17個審計組，對汶川等7個重災縣(市)及部分省級主管部門和單位共計195個重建項目進行了審計，發現在災后恢復重建規劃落實、資金籌集分配管理、項目建設管理等方面存在的15個主要問題；向紀檢機關移送案件1起，檢察機關已立案逮捕并起訴2人，公安機關拘留11人；向審計署上報情況簡報和工作動態17期，為災后恢復重建的順利進行提供了重要保證。

　　在項目實施過程中，該辦緊緊圍繞“促進災后恢復重建工作順利進行、確保災后恢復重建不出重大問題”的審計目標，按照“以規劃為龍頭，以資金為主線，以重大項目為重點，一手抓重大違法犯罪問題的查處，一手抓重大體制機制性障礙和重大管理漏洞的反映”的工作思路，做到了“三個注重”。

　　一是注重事中防范，積極尋求解決審計發現問題的最佳途徑。先后向有關地方政府或主管部門出具審計建議函或審計情況通報共13份，提出整改建議25條，如跟蹤審計發現，唐家山堰塞湖后續處置工程由于資金分配管理關系未理順，開工一個月后資金還沒有到位，工程可能因此停工，而汛期即將來臨，下游地區度汛安全面臨嚴重威脅，為此審計組及時督促四川省水利廳和綿陽市政府協調解決，避免了工程停工可能造成的后果。

　　二是注重社會責任，加強與災區有關單位和社會民眾的溝通協調，指定專人與17個重災縣對口聯系，動態掌握重災縣和30多個省級部門、中央在川單位災后重建情況，還與16名人大代表和政協委員座談，增進與社會各界的交流。

　　三是注重政策評估，及時為國家宏觀決策提供信息。如審計發現的災后恢復重建規劃部分內容亟待修訂和完善、災后恢復重建資金籌集困難缺口大、重建資金統籌不夠使用效率不高等7個問題，通過審計署反映后，得到了國務院領導的重要批示。