全國生態系統復雜多樣，空間差異大，以草地、森林、農田和荒漠為主，占全國陸地總面積的82．8％。由于氣候、地理條件的影響，我國生態環境脆弱，對人類活動的干擾十分敏感；同時，悠久的歷史、巨大的人口數量和高速的經濟發展導致的高強度資源開發，對我國森林、草地和濕地等自然生態系統造成了巨大影響，生態系統退化成為我國經濟社會可持續發展主要問題。
自2000年以來，尤其十八大以來，各級政府高度重視生態環境保護，啟動并實施了主體功能區規劃、天然林保護、退耕還林還草、重點生態功能區生態轉移支付，以及三江源生態恢復、京津風沙源治理、巖溶地區石漠化綜合治理工程等一系列生態環境政策與生態保護、生態恢復與生態建設工程，我國生態系統面臨的問題開始發生轉型，從由農業開發導致的生態問題向工業化、城市化導致的生態問題轉變。主要表現為水土流失、沙漠化、石漠化等問題仍然嚴重，但面積與程度在下降，森林與草地生態系統質量低但總體在改善與提高。我們目前面臨的生態問題主要包括如下幾個方面。
1．生態環境脆弱，生態系統質量低。
我國是世界上生態環境脆弱的國家之一。由于氣候與地理條件的原因，形成了一系列生態脆弱區。在高強度的人類干擾下，生態系統退化嚴重，人與自然矛盾非常突出。全國生態環境高度敏感區域面積390萬平方公里，占國土面積的40．6％，而生態環境脆弱區面積占國土面積的60％以上，西北干旱半干旱區、黃土高原區、西南山地區和青藏高寒區等地區尤為突出。全國森林與草地質量低下，生態系統質量為低等級與差等級的面積比例分別占三種類型總面積的43．7％和68．2％；質量為優等級的面積比例僅占森林與草地生態系統總面積的5．8％和5．4％。局部地區生態系統質量仍在下降，如有17．6％的森林與34．7％的草地生態系統質量均有不同程度的下降。
2．土地退化問題仍然嚴重。
我國土地退化主要表現為水土流失、沙漠化與石漠化等方面，當前土地退化面積較大，但面積與程度均在下降。
（1）水土流失。全國水土流失強度較大的區域主要分布在黃土高原和西南地區，其中極重度水土流失主要發生在黃土高原和四川、云南局部地區；東部地區水土流失強度相對較小。自2000年以來，全國水土流失面積減少，從177．78萬平方公里減少到167．75萬平方公里，減幅為5．6％。其中，極重度水土流失面積比例減少幅度最大，減少16．1％。
（2）土地沙化。我國沙化土地面積大，以極重度及中度沙化等級為主。沙化土地面積最多的省區是新疆、內蒙古和西藏，三省區的沙化土地面積占全國沙化土地總面積的82．0％。近年來，全國沙化土地面積整體減少，但仍有部分地區沙化程度加重。沙化土地面積減少11．61萬平方公里，減幅為6．0％。其中極重度沙化區呈減少趨勢，輕度沙化面積增加。沙化程度減輕的地區主要分布在內蒙古東北部、黃土高原西北部和新疆北部等。
（3）西南地區石漠化。全國石漠化區域主要分布在貴州、云南、廣西、四川、湖南、廣東、重慶及湖北八省（區、市）的喀斯特地區，總面積為9．56萬平方公里，占八省份總面積的17．9％。近年來，全國石漠化程度有所改善，主要在貴州大部、云南西南部等區域，但部分地區有惡化的趨勢。
3．生態系統人工化加劇，野生動植物棲息地減少。
2000～2010年間，人工林、庫塘等人工濕地和城鎮面積顯著增長，自然森林、沼澤濕地和自然草地面積持續減少，生態系統人工化趨勢進一步加劇。全國人工林面積約占森林生態系統面積的1／3。全國城鎮面積明顯增加，十年增加了5．56萬平方公里，比2000年增加28％。全國水庫數量8．79萬個，水庫水面5．28萬平方公里，總庫容7162億立方米，分別占全國陸地水體總面積的26．1％和全國河流徑流總量的23％，十年間水庫面積增加了3．1％，自然河段長度比例不斷下降。
4．流域生態破壞嚴重，生態風險巨大。
由于水資源與水電資源的大規模開發，我國河流生態系統面臨巨大沖擊，河流斷流、濕地喪失及廢水排放顯著增加，水環境污染嚴重、生物多樣性減少且生態調節功能低。長江流域、黃河流域和海河流域的生態環境惡化趨勢尤為顯著。
（1）長江流域的主要生態問題表現為自然濕地喪失嚴重、自然生態系統質量低、水土流失以及滑坡泥石流等地質災害嚴重、河道斷流普遍發生、湖泊水環境污染嚴重、水生生物多樣性喪失加劇。水資源開發強度大，生態隱患大。長江上游支流水電開發強度大，河道斷流普遍發生。斷流、水環境嚴重污染以及水庫和水電站建設，導致河道片段化、江湖阻隔和水環境惡化，野生動植物棲息地喪失與退化。長江水生生物多樣性喪失嚴重，白鱀豚已功能性滅絕，江豚、中華鱘等珍稀瀕危物種種群數量不斷下降，瀕臨滅絕。
（2）黃河流域的主要生態問題有生態系統質量低、水土流失嚴重、水資源過度開發、河流斷流加劇、水環境污染嚴重。黃河流域優、良等級森林生態系統面積比例僅為7．4％；優、良等級草地生態系統面積比例僅為30．0％。水土流失面積比例達63．7％。由于水資源開發利用增加，全國斷流河流愈來愈多、斷流河道長度不斷增加、斷流時間不斷延長。黃河27條主要支流中，11條常年干涸，黃河下游干流已經成為人工控制的“水渠”。
（3）海河流域的主要生態問題有生態系統質量低、水資源過度開發、地下水位持續下降、河流斷流與水環境污染嚴重。海河流域優、良等級森林生態系統面積比例僅為4．6％，水土流失面積比例為30．7％，水資源總開發利用程度為98％，全流域淺層地下水超采嚴重，總開發利用程度高達110．4％。
5．城鎮擴張失控，人居環境惡化。
城鎮擴張攤大餅現象普遍。大多數城市建成區呈攤大餅式的單中心擴張模式。2000年以來，17個重點城市主城區面積擴大了2～4倍。城市生態調節功能不斷降低，全國所有大城市“熱島效應”不斷增強。2000年以來，北京、天津、上海、廣州、重慶和長沙等城市的“高溫區”范圍都有明顯增加。全國62％的城市存在城市內澇，其中74．6％最大積水深度超過50厘米，對居民生活帶來嚴重影響。城市大氣污染嚴重，居民健康風險加大。城市綠地結構簡單，外來植物比例高，如北京城區外來植物物種占比高達52．7％，野生動植物種類少、種群數量低。
6．礦產資源開發嚴重破壞生態，環境風險大。
全國礦產資源開發擴張迅速。2010年直接破壞地表面積在5公頃以上的礦產開發點達52566個，分布于全國1774個縣。十年間新增礦區面積為2285．17平方公里，占2010年礦產總面積的32．26％。新增礦區面積55％分布在西部地區。礦產資源開發帶來的生態環境破壞和環境污染嚴重，地面沉降、滑坡、地裂縫和潰壩等次生地質災害頻發，對人民生命財產造成重大損失。