從中藥制藥過程各單元的控制操作特點及生產需求，程序主要流程為執行工段的自動控制功能，運行狀況描述如下：某單元啟動運行，程序首先自動檢測該單元的預置條件，當滿足預置條件后，程序根據事先設定的工藝參數和工藝流程順序執行程序，對相關設備進行控制，根據現場狀態選擇對應的分支程序，在運行過程中如需人工檢測或干預時，多功能濃縮提取設備系統在流程監控界面上彈出消息提示窗口，經過操作人員處理、選擇、確認以后，程序按照指令繼續執行。當程序執行檢測到設備故障時，根據故障等級按警告、報警、緊急停車進行處理。除以上程序運行的主要功能外，在軟件設計中還應考慮以下幾個方面的問題：
1、基于模塊化技術的柔性控制
由于中藥制藥生產工藝的多變性，如果流程控制設計的靈活性和柔性不夠，在運行過程中就需要大量的人工干預，進而影響到生產的連續性和效率。因此在流程組態的過程中要采取模塊化思想，將不可再分的工序作為單元模塊，并充分考慮各單元控制不同的流程，設置一定的模式對各基本單元模塊進行組合，運行時操作者只需根據對應的工藝路線選擇適合的模式即可實現自動化生產。如中藥多功能提取設備工段有水提取和醇提取兩種方式；在設備組合方面有單罐提取和多罐組合提取；根據提取物料的需要又分為循環提取和單次提??；提取原料藥材的性質不同對應的操作都略有不同。因此在PLC程序編制中，首先細分到每一個操作，作為單元模塊，然后按照不同的模式進行流程組合，編制簡單易用的操作界面，操作者只需要選擇提取物料性質、提取模式即可實現對應的操作。
2、動作互鎖和順序連鎖控制
中藥制藥過程單元為流程控制，在對控制單元的PLC程序編制中，要求對整個工藝流程和設備動作的安全性規則有深入的了解，并在此基礎上編制程序。為保護人員和設備的安全要設置連鎖和互鎖控制，有些控制要求次序不能顛倒，若出現相反的操作會帶來安全隱患甚至導致事故，因此在PLC程序編制中，對某些不能顛倒次序的控制動作，考慮采取順序連鎖控制，如泵的出口未打開或管線不通，則泵不能啟動。對于有些控制不能同時動作的場合，要進行互鎖。
3、垂于安全檢測的手自動切換
中藥制藥某些工段對于手自動切換的靈活性要求較高，要求對于部分執行機構能切換到手動狀態進行操作，以滿足某些應用場合的需要，但切換的時候必須考慮安全問題，如在單元生產運行過程中，誤操作將會影響到不銹鋼濃縮提取設備運行的安全性，因此在自動和手動切換時引入如下切換規則：在用戶進行手動操作切換后，上位機程序立即檢查該操作的安全性，若操作為不合法操作，會引起嚴重后果的，則立即取消操作，操作員手動操作無效；若操作對安全性沒有影響，對操作員進行提示后，操作員進行確認后執行此次操作。
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