1、環保方面：

有機溶劑屬于ODS類物質，對大氣臭氧層有破壞作用，屬于環保控制物質且有毒，水基溶劑是環保的、無毒的，可直接排放，符合ISO9001及14000的要求。

2、設備方面：

水基溶劑清洗后要用純水漂洗，并需烘干，用電量稍大一些，同時占地面積相對較大，設備成本也對較高。有機溶劑清洗后用蒸汽漂洗，工位相對較少，需要加裝冷凍機組，耗電量約低于水基清洗設備，它的占地面積相對較小，但高度較高，。

3、清洗效果方面

有機溶劑采用的是直接溶解所以超聲波清洗速度快，周期短，效果直接，徹底，但清洗后一定時間內會有氯離子殘留。水基清洗是采用洗劑替換的方式，并且是兩次替換（第一次是溶劑替換油污等雜質，第二次是純水替換溶劑），替換后還需要烘干，故相對清洗時間較長，但水基清洗后沒有殘留問題，符合ISO9001及14000的要求。

4、使用成本方面

有機溶劑使用原液清洗，雖然可以重復使用，但由于其高揮發性，及產品的粘附性，其用量十分大。水基溶劑均是兌水使用，單價雖然約高于有機溶劑，但用量小。水基漂洗需用純水，但純水的制水成本也很低，一噸只有幾分錢。總的來說，水基清洗的使用成本遠遠低于有機溶劑。

綜上所述，兩種清洗均能達到清洗效果，水基清洗的使用成本低，安全、環保、但設備復雜，有機溶劑清洗速度快，設備簡單，但是不環保，也存在安全隱患，同時使用成本相對較高。