一、PPP項目回報率低
PPP項目回報率低，未形成成熟的回報模式。PPP項目天然的公益性質，加上有的基層政府不舍得把“含金量”高、收益率高的“好”項目拿出來做PPP模式，而把一些資金來源少、回報率低的“雞肋”項目上報做PPP，致使PPP項目收益率普遍偏低。2015年1月，河南省推出的87個PPP示范項目內部報酬率在3.15-8%之間。對上市公司而言，項目公司成立后仍需融資(自有資金一般僅占20-30%)，目前一般商業銀行中長期信貸資金成本在7%左右，再考慮交易費用和必要的回報率，上市公司必然要求更高的投資收益率。然而，地方政府對PPP項目的預期資金成本僅為6%左右，難以吸引上市公司的參與。
環境服務價格缺乏調整機制。如，有些地方污水處理服務價格，并未因國家提高污水排放標準而相應提高，也未考慮污泥處置成本，更未涉及污水處理設施的升級改造和更新維護，而是一味地要求運營企業自行承擔由此而增高的運營成本，導致企業財務困難。
二、風險分攤不合理
風險分攤不合理。傳統的交通類BOT項目中政府與企業多為垂直系，即政府授權私營企業建設和經營，社會資本僅承擔建設和經營風險，其他的設計、融資等風險均有政府承擔。目前PPP項目中，上市公司同時存在融資、建設、經營風險，項目結構較為脆弱。
三、執行層面風險大
PPP項目資產流動性低。PPP項目投資形成實物資產后，存在較強的資產專用性。一方面，PPP項目資產流動性不強，難以轉讓交易；另一方面，PPP項目資產強調使用的配套性，如污水處理項目需要與市政管網對接才能投入使用。目前，PPP項目退出渠道主要是政府回購、轉讓給其他社會資本等，難以適應多元化的資產轉化需求。
其他執行風險。包括項目公司管理經驗不足、合作風險、施工工期和質量控制風險、合同變更風險等。
四、地方政府信用缺位
企業對于PPP項目的擔心主要在于有些地方政府部門缺乏契約意識，政策隨意性和執行性風險較大。一方面，一些地方政府在制定新政策時，可能并不考慮社會資本利益，隨意制定新政策或變更原政策；另一方面，為促成合作，一些地方政府在前期會對社會資本做出脫離實際的保證或難以兌現的承諾，致使在合作期內兌現縮水或完全不予兌現。此外，由于PPP項目周期長，一些地方政府換屆或換領導后，“新官不買舊賬”，不履行合作協議約定，會使上市公司十分被動。PPP項目的失敗案例中，不少是由于政府違背承諾而導致合作方利益受損。
政府企業股權之爭。股權之爭一直是推廣PPP模式的“攔路虎”。地方政府傳統的“官老大”、“政府利益至上”的思想嚴重，對于PPP項目合作，不少地方政府部門甚至明確表示，企業可以入股但絕對不能控股，政府一定要保證51%的控股權，令許多上市公司望而卻步。