MBR一體化污水處理設備的生物處理模塊主要是利用懸浮于廢水中的充滿絮狀微生物菌群的泥粒在有氧條件下處理各種形態的有機物，主要是可溶性有機物。廢水進入曝氣池經過一定時間曝氣后，有機污染物被預先馴化的活性污泥所吸附、氧化分解，活性污泥在完成吸附和氧化分解的任務后，混合液被立即送至沉淀池。在沉淀池中活性污泥從廢水中被分離出來，上清液被排出，二沉池污泥一部分回流至曝氣池，剩余的活性污泥排至污泥濃縮池濃縮后外排。
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