水中各種水垢的產生為陰陽離子共同產生的結果，所以處理方法的主要手段就是去除其中一種離子或同時去除形成水垢的離子，或使其穩定在水中。
（一）從補充冷卻水中除去成垢的鈣、鎂離子
在補充水進入循環水系統之前進入軟化設備，除去Ca2+ 、Mg2+, 也就形不成水垢。目前常用的軟化方法有三種：一是通過采用反滲透法(生成純水）；二是離子交換法（生產去離子水），該法適用于補充水量小循環水系統間或采用；三、是石灰軟化法，即投加石灰，使Ca(HCO3)2反應生成CaCO3沉淀提前析出。該方法成本低，適用于原水（尤其是暫時硬度大的結垢型原水）鈣含量高，補充水量較大的循環冷卻水系統。
（二）加酸或通入CO2氣體，降低pH值，穩定重碳酸鹽
在循環水中加酸（通常為硫酸）或通入CO2氣體，降低pH值，使下列平衡左移，重碳酸鹽處于穩定狀態。Ca(HCO3)2=CaCO3+H2O+CO2
加酸法目前仍有使用，關鍵是控制好加酸量，否則酸量過多會加速設備腐蝕。通CO2氣體同樣應注意控制好pH值，否則循環水通過冷卻塔時，由于CO2的溢出，CaCO3在塔內結晶，堵塞填料，形成鈣垢轉移現象。該方法在某些化肥廠、化工廠及電廠等有CO2氣體源的企業仍有推廣使用的價值。
（三）投加阻垢劑
在循環水中投加阻垢劑，破壞CaCO3的結晶增長過程，以達到控制水垢形成的目的。目前常用的阻垢劑有聚磷酸鹽、有機磷酸酯、聚丙烯酸鹽、有機多元磷酸等。這也是目前應用最廣的控制水垢的方法。
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