水質遠程自動在線監測系統的主要功能是作為常規水質（水環境）檢測的輔助手段，實現對重點監測區域或斷面（通常包括交界斷面、入口斷面、趨勢斷面、控制斷面、湖庫和飲用水源等）水質變化趨勢的實時在線監視；從而在保持水質常規階段性全面檢測的基礎上，可在一定程度上實時掌握流經監測斷面的污染物通量和突發性變化，掌握監測斷面污染物濃度和通量的時間變化規律，為被測水源和流域污染防治決策和監督管理提供在線監測手段。
 
水質自動監測系統是一個較為復雜的遙測遙控系統，其與一般的水利行業SCADA系統相比，在數據自動采集、處理和傳輸方面沒有過多區別（僅檢測分析單元的傳感器類型不同）；其復雜性主要體現在監測站的采水單元、配水單元的自動監控部分，這是一個因部分水質在線傳感器不能直接投入被測水源而引起的，需要具有對每一種監測參數進行水樣采集、監測及配水、放水、清洗、反吹以及水樣的自動化流程處理過程，這是一個較為復雜且導致系統建設成本急劇加大的要求。因此如何合理選擇監測參數（盡量少，以能夠達到自動監測目的為依據），盡量選用可直接投入被測水源的水質監測傳感器（如一體化多參數水質在線監測儀），努力簡化系統中的采水單元和配水單元（如一體化水質監測現場裝置），對于建設高性價比的水質自動監測系統是非常重要的。