無塵車間與一般工業廠房設計有所區別，無塵車間的主要設計特點：

1、根據無塵車間生產的產品的類別、使用情況，確定設計無塵車間的控制對象及技術要求。如對生物無塵車間，其控制對象是空氣中的塵粒、微生物；而不同產品或用途的無塵車間，對空氣潔凈度等級、空氣中含有的微生物種類和濃度、壓差等的要求是不同的。

2、為確保無塵車間內所必須的空氣潔凈度，無塵車間設計中涉及到的各個專業設計均應采取妥善的、可靠的技術措施，以減少或防止室內產塵、滋生微生物，減少或阻止將微粒/微生物或可能會造成交叉污染的物料帶入無塵車間內，有效地將室內微粒/微生物排出，以減少或防止它們滯留在無塵車間內。對于因塵粒/微生物或物料的交叉污染會危害產品質量或人身安全時，還應采取安全、可靠的技術措施防止交叉感染，如嚴格控制不同用途的無塵車間之間的靜壓差，按要求合理地劃分凈化空調送風系統以及回風系統、新風系統的妥善設計等。

3、無塵車間設計是各工業設計技術要求的綜合，尤其是無塵車間的工藝設計、建筑設計、空氣凈化設計和各種特殊要求的設計技術的密切協同、相互滲透和合理安排的綜合設計。無塵車間應做到按照生產工藝流程、合理選擇凈化設備和裝置、盡力實現人流和物流的順暢短捷、氣流流型選擇得當、凈化空調系統配置合理、各種特殊要求的技術措施得當，無塵車間的平面、空調布置合理，實現可靠經濟運行的無塵車間設施。

4、無塵車間設計應確保安全生產和滿足環境保護的要求。無塵車間的布局安排和各項設施的設計均必須符合消防、防火的要求，應按國家的有關標準、規范進行設計，由于無塵車間內的平面和空間布置特殊、走道曲折等特點，在進行各項技術設施的系統設計、設備配置和材質選擇時，應特別注意按規定選用符合要求的系統、設備和材質。

5、隨著科學技術的發展，工業產品的更新換代很快，人們對生活質量要求也越來越高，工業無塵車間、生物無塵車間的建造日新月異，因此無塵車間設計本身便具有高新技術特點，為了提高無塵車間建成后的技術經濟效益，在進行無塵車間設計時應設法盡可能地考慮一定的靈活性，以便使建成后的無塵車間能隨著科學技術的發展，可以方便地進行技術改造或潔凈度等級改造，適應產品換代或設備更新的要求。近年來，在微電子工業超大規模集成電路生產、醫藥工廠無塵車間設計、建造中，模塊式無塵車間、隔離裝置及微環境的不斷研究開發，并被廣泛采用，便是一種能夠適應技術發展的靈活的及有綜合經濟性的無塵車間設計。