潔凈無塵室內系統除了通稱的空調系統之外，制程設備也包括在內，本節將對該二系統之運轉維護及保養做一概略說明。
　　無塵室內之生產制造設備注意之重點有三：
　　1.生產設備之選擇、布置與保養：
　　a.要選用發塵性較少的生產設備及相關設備，尤其須注意活動部分之發塵。
　　b.應選擇塵埃之影響較小的生產設備或接口設備。
　　c.生產用之水、氣體、藥品等往往是造成污染的原因，故應配備過濾裝置。
　　d.規劃各設備之配置空間時，事先宜考慮不易積累微塵之結構，規劃各并以容易清潔為原則。
　　e.真空泵等容易產生污染物的這類設備，應設置在無塵室外面或回風區，并加裝排氣管線排氣。
　　f.設置給水管線、氣體管線和電氣系統時，其構造須考慮到容易清潔，不易積累污染物。
　　g.生產及相關設備應定期清掃，以避免微塵之堆積。
　　h.應加強注意室內的溫濕度控制，避免因濕度之不當造成結露生銹。
　　i.當設備維修時易產生微塵粒子，故維修時盡量于清潔室外進行，并加隔離柵隔離。
　　j.對于施工或維修之廠商，應告知進出無塵室之各項規定，且負責工程師應隨侍在側監工。
　　k.應有無塵室專用工具組，但不得帶出無塵室外使用。
　　l.規劃空間時若能臨近無塵室設立一間維修和設備保養手冊置放室，將是一理想之規劃。
　　2.生產設備之防塵措施：
　　a.磨損、切削均為發生微塵之原因，故需將發塵部分掩蓋之。
　　b.易產生塵埃之設備，若能的話應布置于風尾地點。
　　c.在操作時，盡量減少接觸零件或產品。
　　d.不得有太大或不必要的操作動作，以免卷起附近之灰塵。
　　e.各項廠務設施之供應如水、氣體和化學品于進入生產設備前應有過濾設備。
　　f.為不使氣體或液體滯留，造成微污染，故管路配置應有旁路閥之設置。
　　3.自動化與無塵化：
　　a.設立自動化傳送系統，可減少人員方面所帶來的污染，唯費用相當昂貴，須詳加評估。
　　b.建立管制項目如進入無塵室人員的資格限定，無塵室作業人員作業規則，無塵室管理規則等，這些規則已在前面章節敘述，此處不再說明。
　　在無塵室之維護管理方面，可分三部分加以說明：
　　1.建筑物之維護管理：
　　a.建筑物內定期檢查清潔。
　　b.地板之清掃管理及損壞更新。
　　c.隔間墻及天花板檢查清潔和封補。
　　d.窗戶及門之保養等。
　　2.環境測定與管理：
　　無塵室內之運轉環境狀況如溫、濕度及微塵粒子數應每日定期量測，以確實掌握質量，若有數據異常，可立即做緊急處理。
　　3.防塵空調設備之維護管理：
　　a.溫、濕度及塵埃濃度管理，在前面以述及，唯其量測儀器應做定期校正檢驗，若有設備移動或施工時須做局部測量。
　　b.過濾網之管理：定期檢查及更換，表6為各種過濾網之檢查及更換周期。
　　c.空氣調節器管理：定期檢查隔板接縫及內部污染狀況，冷熱盤管是否有腐蝕現象。
　d.送風機之管理：定期檢查送風機運轉狀況。如表7所示為送風機之各項檢查內容及周期。
　　e.風管及出風口之管理：檢查風管是否有腐蝕、污染、塵埃堆積或保溫脫落等。
　　f.測試及量測儀器管理：定期校正及保養。
　　g.室內壓力管理：連續監視室內壓力記錄，以維持正壓為基準。
　　h.冷凍主機、泵浦、鍋爐及冷卻水塔之管理：定期檢查保養及記錄運轉狀況及水質變化分析，以調整加藥量等。
　　i.無塵室停止運轉再開機要點管理：啟動后立即進行微塵粒子之測試，須無塵室恢復穩定正常時再開始作業。