農田灌溉水檢測項目包括：

感官標準和一般理化指標：色度、臭和味、肉眼可見物、pH、鋁、鈉、鐵、錳、銅、鋅、氯化物、硫酸鹽、溶解性總固體、總硬度、耗氧量、氨氮、硫化物、渾濁度、揮發酚類、陰離子合成洗滌劑；

有毒有害物質檢測：甲醛、三鹵甲烷、二氯甲烷、1,2-二氯乙烷、1,1,1-三氯乙烷、三溴甲烷、一氯二溴甲烷、二氯一溴甲烷、環氧氯丙烷、氯乙烯、1,1-二氯乙烯、1,2-二氯乙烯、三氯乙烯、四氯乙烯、六氯丁二烯、二氯乙酸、三氯乙酸、三氯乙醛、苯、甲苯、二甲苯、乙苯、苯乙烯、2,4,6-三氯酚、氯苯、1,2-二氯苯、1,4-二氯苯、三氯苯、鄰苯二甲酸二(2-乙基己基)酯、丙烯酰胺、微囊藻毒素-LR滅草松、百菌清、溴氰菊酯、樂果、2,4-滴、七氯、六氯苯、林丹、馬拉硫磷、對硫磷、甲基對硫磷、五氯酚、莠去津、呋喃丹、毒死蜱、敵敵畏、草甘膦、氯仿、苯并(a)芘、滴滴涕、六六六、氟化物、氰化物、砷、硒、汞、鎘、鉻(六價)、鉛、銀、硝酸鹽(以氮計)、溴酸鹽、亞氯酸鹽、氯酸鹽、銻、鋇、鈹、硼、鉬、鎳、鉈、氯化氰；

微生物指標：總大腸菌群、菌落總數、大腸埃希氏菌、耐熱大腸菌群；

金屬元素指標：鉻(六價)、鎳、鈹、鎂、鈉、鉛、硼、砷、銻、鐵、銅、鋇、釩、鎘、鉻、汞、鈷、鋁、錳、硒、鋅、鉬、鉀、鉈、銀、鍶、鋰；

污染物指標：金屬元素、硫酸鹽、硝酸鹽氮、氟化物、氯化物；

其他指標：半揮發性有機物、蛔蟲卵、硼、游離氯、總汞、烷基汞、總鎘、六價鉻、總砷、總鉛、總鎳、苯并(a)芘。