天然氣脫水是預處理過程中最關鍵的一環，CNG加氣站通常選用雙塔式干燥器脫水，按脫水裝置在站中的位置可分為低壓、中壓和高壓脫水3種方式。高壓脫水法若能在配件、閥件質量方面解決好相關技術工藝問題，因其結構緊湊、脫水效果好，是比較好的脫水方案。
天然氣經過凈化干燥處理后必須達到車用天然氣標準方可充入加氣站的儲氣瓶、直接售氣或給CNG汽車氣瓶加氣。我國已經制定了“車用壓縮天然氣’’國家標準(GB 18047—2000)。該標準對車用CNG的含硫量和含水量做出了非常嚴格的限制規定，要求硫化氫含量小于15mg/m3，水露點低于最高操作壓力下最低環境溫度5℃。