微生物實驗室是進行微生物研究的場所，主要應用于微生物學、生物醫院、生物化學、動物實驗、基因重組、生物制品等研究。微生物實驗室又稱為生物安全實驗室。
這類實驗室建設的要求：選址、平面布局、圍護結構、通風空調、其他家具的要求等，都是非常重要的對實驗室影響很大的因素。規劃區域包括準備室、微生物培養室、器械消毒及清洗室、純水室、檢測室、菌種室、儲藏室等，都應設獨立區域，設置隔離門，有緩沖區方便清潔更換衣物。
微生物實驗室的安全操作須知：1.制定員工安全操作規程，注明生物危險標志。2.無菌室的安全操作規程，保持清潔以防污染，保障潔凈度的要求。3.壓力蒸汽滅菌器的安全使用操作流程，做好檢查記錄，物品的明確標識4.生物安全柜的操作規程5.標準菌株安全操作流程6.微生物培養廢棄物安全處理程序7.緊急事故的處理辦法。