醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、
放射性廢水和
病原體。因此，必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式
污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其
無害化。常用消毒劑有
漂白粉、
液氯、
次氯酸鈉、
臭氧。對含放射性
同位素的污水，應按同位素處理要求處理。
醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或
高溫堆肥后方可用作肥料。
醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、
X光照像洗印、動物房、
同位素治療診斷、
手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的
生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如
重金屬廢水、
含油廢水、洗印廢水、
放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。
醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。
醫院污水來源及成分復雜，含有病原性微生物、有毒、有害的物理化學污染物和
放射性污染等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境。